本发明公开了一种以磷改性Y型分子筛为原料制备SSZ-39分子筛的方法。Y型分子筛经含磷水溶液浸渍、干燥、焙烧后得到磷掺杂Y型分子筛；将去离子水、碱源、模板剂、硅源按配比混合搅拌均匀，加入上述磷掺杂Y型分子筛制得溶胶；将溶胶转移到晶化釜中，晶化完全后，晶化产物经过滤、洗涤、干燥后，进行离子交换，再经焙烧后制备得到氢型SSZ-39分子筛。本发明通过磷掺杂方法改性Y型分子筛原料，可以使其在较低硅铝比的情况下，在较短的时间内完全转晶制备SSZ-39分子筛，从而可以较为明显的降低原材料及生产成本。本发明制备的SSZ-39分子筛具有晶化时间短、结晶度高，晶粒大小可控、晶粒分散性好等特点，可应用于甲醇制烯烃反应、选择性催化还原催化剂的载体等领域。