本发明公开了一种FPGA原型验证开发板管脚分配系统、方法、介质及终端，所述系统包括：管脚检测模块，用于通过自测程序对开发板的管脚同时进行检测，并对检测的管脚进行标号，根据标号独立记录检测结果；检测结果处理模块，根据管脚检测模块的检测结果进行记录和处理，确定最佳的分配方式；管脚分配管理模块，根据检测结果处理模块的结果，对正常的引脚予以标记；损坏管脚管理模块，用户可以根据开发板的实际情况，设定开发板的具体管脚为损坏管脚；用户对损坏管脚进行二次判断，并对判定为损坏的管脚执行跳过处理，并导入管脚分配结果，取消分配结果中的损坏管脚，重新分配，可以按照用户的要求分配管脚，可有效解决背景技术中的问题。