本发明公开了一种汽车远程控制报文的加密处理方法及系统，该方法包括：中央网关将自身VIN码广播至第一CAN总线和第二CAN总线；远程控制模块执行器根据VIN码并通过第一加密算法运算出一级动态滚动码，然后将一级动态滚动码输入至第二加密算法运算出二级动态滚动码并存储，同时将一级动态滚动码经第二CAN总线发送至中央网关；中央网关通过第一CAN总线将一级动态滚动码转发至远程控制模块；远程控制模块将一级动态滚动码输入至第二加密算法运算出执行滚动码；远程控制模块执行器判断执行滚动码与二级动态滚动码是否匹配，并根据匹配决定是否响应用户终端发送的控制指令。本发明能够降低通讯报文被攻击的风险，提升安全性。