本发明公开了一种确定污水处理好氧反硝化菌最适保存温度的方法，属于环境工程技术领域。本发明方法利用流式细胞术测定不同温度保存的好氧反硝化菌的细胞活性状态，将其中细胞活性状态最接近好氧反硝化菌中试运行时的细胞活性状态的保存温度确定为最适保存温度，测试数据经活性恢复后细胞活性状态和性能效果验证可靠。本发明方法可以省略好氧反硝化菌活性恢复的步骤，有效帮助准备采用好氧反硝化技术进行硝态氮和总氮高效去除的污水处理厂实现节能降耗，降低运行成本，其中硝态氮和总氮的去除率分别可达90％和88％以上，同时可以有效缩短好氧反硝化菌工程化应用的启动时间，维持好氧反硝化工艺长期稳定运行，具有很高的工业可行性。