一种运载器能量管理段FADS故障判断与控制方法，包括以下步骤：获取风干扰下大气数据测量数据以及惯性测量数据；分析所述大气数据测量数据和所述惯性测量数据的特性差异；根据飞行剖面高度、速度、航向、风速以及风向的散布规律建立所述大气数据测量数据的安全边界的数学表征；根据大气数据测量数据安全边界对大气测量数据的覆盖程度，判断大气测量信息是否在安全边界范围，当大气测量信息不在安全边界范围时判断大气数据传感系统故障；当大气数据传感系统故障时根据关键状态边界保护进行纵向控制或根据侧滑角边界保护进行滚转控制。在无动力返回过程中FADS故障或无大气数据测量信息的情况下，仍能对运载器实行安全可靠控制，保证了航天器安全着陆。