本发明公开了一种硅基光电探测器的制造方法，包括：在SOI衬底的上表面形成第一介质层；采用干法刻蚀工艺对所述第一介质层进行刻蚀，形成第一凹槽，所述第一凹槽的深度小于所述第一介质层的厚度；采用湿法刻蚀工艺对所述第一凹槽的底部进行刻蚀，形成第二凹槽，所述第二凹槽的深度与所述第一凹槽的深度之和等于所述第一介质层的厚度；在所述第二凹槽的底部形成牺牲层；去除所述牺牲层，暴露出所述SOI衬底；在所述SOI衬底上生长探测层；对所述探测层进行表面平坦化处理，使所述探测层的上表面和所述第一介质层的上表面位于同一平面内。本发明提供的硅基光电探测器的制造方法，可以达到减小硅基光电探测器暗电流的目的。