本发明提供一种燃料电池系统用的分水器，其包括壳体，壳体的顶部设有出气口，壳体的底部设有排水口以及安装在排水口处的排水阀，壳体的周向侧壁上设有进气口以及液位传感器，壳体内设有与壳体顶部内壁相固定的分水件，排水阀、液位传感器均与控制器相连；液位传感器所处的轴向截面和进气口所处的轴向截面将壳体的内腔沿轴向分成三段，液位传感器所处的轴向截面与壳体的底部间形成壳体内的第一腔段，第一腔段的容积不小于V1，V1＝q1*f/n，其中，q1为燃料电池系统最大功率时的阳极产水率，n为排水阀的全生命开关次数，f为燃料电池系统所设计的寿命。本发明提高了分水器的使用安全性。