本发明涉及灭活疫苗领域，针对疫苗安全性较差的问题，提供了一种鸭呼肠孤病毒和鸭腺病毒二联灭活疫苗及其制备方法，该技术方案如下：按体积比计，水相和油相按照2-4:1的比例组成，所述水相由吐温-80、鸭呼肠孤病毒和鸭腺病毒按照4:48:48的比例组成，所述油相由丁酸酐、白油、硬脂酸铝、和司盘-80按照1-2：92-96：1-2：2-4的比例组成；通过两种抗原与吐温-80以特定的体积比构成水相，并且在油相中加入丁酸酐，以一定的比例配合白油、硬脂酸铝和司盘-80制成油相然后再混合水相制备疫苗，使得免疫后的鸭体能够产生较高的抗体，增加鸭体的免疫性能，疫苗对鸭体安全作用较佳。