本发明公开了一种消化道病灶大小测量方法及系统，所述方法包括：获取包含病变和参照物的消化道内窥镜图像；识别其中所包含的参照物；计算所述参照物与消化道粘膜相交的宽度；结合真实实验得到的参照物与消化道粘膜交界处的尺寸大小，得到图像像素与实际尺寸之间的对应关系；提取消化道内窥镜图像中所包含的病灶区域；根据图像像素与实际尺寸之间的对应关系，得到所述病灶的实际大小。本发明能够在内窥镜操作过程中，在不借助额外设备且不延长操作时间的前提下，实现病灶大小的精确测量。