本发明公开了副干酪乳杆菌CCFM1069及其应用，副干酪乳杆菌CCFM1069能耐受人体胃肠环境，显著显著提高粪便含水量、提高小肠推进率、缩短排首粒黑便时间、下调血清中酪酪肽含量、上调结肠组织中5‑羟色胺水平、上调结肠组织中神经营养因子3水平、下调结肠组织中Aqp4基因转录水平、增加结肠组织中Cajal间质细胞的数量以及增加肠道内短链脂肪酸的含量；所述副干酪乳杆菌CCFM1069对全氟辛酸有较强的吸附能力，具有缓解PFOA毒性的能力，具有非常广泛的应用前景。