一种小体积立体式反熔丝FPGA在线调试验证方法，充分考虑小型化设计要求，在测试程序定型后将以SRAM为基础的FPGA设计移植到更为可靠的反熔丝FPGA上，减少转阶段更改设计对产品造成的影响，在母板表贴封装内部嵌套设计反熔丝FPGA的QFP208封装。在使用子板上的SRAM型FPGA调试完成后，将验证电路解焊，即可在内部嵌套封装上焊接反熔丝FPGA芯片。本发明解决了将测试的FPGA设计移植到更为可靠的反熔丝FPGA时硬件设计不兼容的问题，有效缩小了验证电路的体积，大大减小了调试用FPGA对母板电路布局布线的影响。本发明能够满足航天产品小型化设计的要求，提高了母板电路设计的集成度。