本发明公开了一种敌稗酰胺酶基因pamD及其编码蛋白质和应用，该基因pamD的核苷酸序列为SEQ ID NO.1，该基因pamD编码的酰胺酶PamD的氨基酸序列为SEQ ID NO.2。本发明克隆到一种敌稗酰胺酶基因pamD，该基因为一种酰胺类除草剂敌稗酰胺酶基因，全长为1218bp，编码406个氨基酸；本发明敌稗酰胺酶基因pamD编码的酰胺酶PamD能够在不添加辅酶因子的条件下将敌稗结构式中的酰胺键断裂降解和转化敌稗，该敌稗酰胺酶PamD以及含有敌稗酰胺酶基因pamD的基因工程菌可用于污染农田和环境水体中酰胺类除草剂敌稗残留的降解和生物转化，具有非常重要的理论和应用价值。