本发明公开了一种坐标时间序列处理方法和装置，所述方法包括：从目标测站获取与数据相应的三个方向上的坐标时间序列所对应的三个残差序列；计算三个所述残差序列的主成分；将所述主成分划分为第一主成分和第二主成分，所述第一主成分用于表征第一部分白噪声，所述第二主成分用于表征所述有色噪声和第二部分白噪声；从所述主成分中删除所述第二主成分，保留所述第一主成分，得到更新后的主成分；基于所述更新后的主成分，计算三个新的残差序列。采用本发明的方案，能剔除残差序列中的有色噪声，而只通过白噪声得到三个新的残差序列，使得新的残差序列表征的误差更小，也能得到GNSS基准站运动参数估值准确的不确定度。