本发明提供一种环十二碳三烯的分离纯化方法。该方法包括以下步骤：将淬灭剂溶解于溶剂中，制备得到淬灭剂溶液；将所述淬灭剂溶液与环十二碳三烯反应液混合后进入淬灭反应器进行淬灭，得环十二碳三烯粗产品；所述环十二碳三烯粗产品先进入螯合树脂塔，再依次通过蒸馏塔中的脱催化剂单元、脱重组分单元、脱溶剂单元、脱淬灭剂单元、脱轻组分单元和产品精制单元，得到环十二碳三烯产品。该方法减少了对设备的腐蚀，危险系数较低；降低了副反应的发生，提高了环十二碳三烯的收率；提高了CDT等热敏性物质在分离过程中的稳定性，提高了环十二碳三烯的纯度；能避免粗产品中不溶物的产生，使得分离过程可连续化生产，易于实现工业化放大。