本发明公开了一种基于DEM数据修正导航系统导航高程的方法，涉及导航控制技术领域，包括：装订矩形测高区域的DEM数据；建立关联于测高时刻的弹下点的测量坐标系，并基于DEM数据建立关联于测量坐标系的查询坐标系；导弹的雷达导引头输出导弹在测高时刻的测高数据，根据导航系统的导航位置处理得到导弹在测高坐标系下的第一测高坐标值；根据第一测高坐标值处理得到测高地面点在测高坐标系下的第二测高坐标值；根据弹下点的位置数据和测高地面点的第二测高坐标值处理得到测高地面点在查询坐标系下的查询坐标值，根据查询坐标值查询DEM数据得到大地高程，对雷达导引头的导航高程进行修正。本发明的有益效果：能够快速简单的使用DEM数据修正雷达导引头测高。