本方案提供了一种搬运钟时间比对方法和系统，其中，该方法的步骤包括：在t1时刻，测量搬运钟与第一地点第一时钟的钟差；在t2时刻，测量搬运钟与第二地点第二时钟的钟差；利用基于遗传算法优化的BP神经网络构建的预测模型，在t2时刻，对搬运钟与第一地点第一时钟的钟差进行预测，获得t2时刻，搬运钟与第一地点第一时钟的预测钟差；将t2时刻搬运钟与第二地点第二时钟的钟差，和t2时刻搬运钟与第一地点第一时钟的预测钟差进行比对，获得第一地点第一时钟与第二地点第二时钟的时间比对结果。