本发明提供一种深部岩体微小变形现场测量系统及方法，该系统包括固定座、测管、中心传递杆、传动组件、连接套管、千分表、磁性表座、测量支架和锚固点，中心传递杆位于测管内，固定座位于测孔底部，固定座底部与测孔底部围岩连接，且固定座与测管底部组成强脱卡扣，固定座与中心传递杆底部相互连接，传动组件夹持中心传递杆可在测管内壁上滚动，千分表的测头与中心传递杆顶部相接，用以测量中心传递杆的位移，千分表通过磁性表座固定在测量支架上，测量支架使用锚固点进行支撑。本发明可作为现场岩体试验中深部岩体微小变形测量的有效、可靠手段，提高了测量的灵敏度、测量精度及测量范围。