本发明公开了一种两部制电价引导下储能系统优化运行方法，包括如下步骤：S1：确定储能配置后的负荷最大需量的上下界；S2：以储能配置后的负荷最大需量和各时段充放电功率为控制变量，建立储能系统优化模型；S3：通过辅助变量将储能系统优化模型转化为线性模型。本发明以储能配置后的负荷最大需量和各时段充放电功率为变量，综合考虑储能系统运行和寿命约束、变量自身约束等，考虑到模型约束条件中存在绝对值项，提出了绝对值项的辅助变量，并通过辅助变量将运行优化模型转化为线性模型，极大降低了求解难度。