本发明公开了一种面向园区微电网孤岛运行安全停机的控制方法，在微电网停机过程中，依次切除负荷系统、光伏系统和储能系统；切除负荷系统时，先切除负荷系统中的二级负荷，再切除一级负荷；切除光伏系统时，先给光伏逆变器发送减少出力指令，降低光伏输出功率，使输出功率逐渐降低为0后，使其正常停机；切除PCS储能系统时，先切除PQ模式的PCS储能系统，再切除VF模式的PCS储能系统，向PCS储能系统发送减少出力指令，使其输出功率逐渐降低为0后，使其正常停机。本发明方法在微电网非计划孤岛时，按照既定顺序快速逐渐切除负荷及分布式微源，使微网系统逐渐正常停机，减少电网突然断电对微网内用电设备的不良冲击，延长用设备的适用寿命。