本发明公开了一种坚硬顶板梳状长钻孔分段压裂巷道变形源头治理方法，包括以下步骤：S1：压裂钻孔平面位置和压裂钻孔剖面位置的选定；S2：主孔施工；S3：主孔第一段压裂；S4：第一分支孔钻探施工；S5：第一分支孔压裂施工；S6：主孔第二段压裂；S7：第二分支孔钻探及压裂施工；S8：按照S6和S7进行施工，直至主孔的所有设计位置完成压裂施工以及所有分支施工位置完成钻探施工和压裂施工。本发明实现坚硬岩层层位和分支钻孔的精准控制，进行主孔段和分支进行多点逐段压裂，有效对坚硬顶板层位超前弱化，从而避免大面积悬顶导致顶板突然垮落，引发的强烈动载与地应力耦合造成巷道围岩大规模变形灾害。