本发明公开了一种航空发动机控制系统的漂移类故障检测方法，方法包括以下步骤：在离线情况下对航空发动机控制系统进行输入，通过传感器采集相应的输出，基于所述输入和所述输出采用非线性建模以辨识控制系统，并作为漂移类故障检测的基准模型，所述非线性建模包括线性的IIR滤波器和自适应样条插值器，在控制系统正常运行过程中，实时观测所述基准模型的输出与实际控制系统的所述输出之间的偏差，对所述偏差进行指数中值平滑滤波以降低噪声干扰，根据基准模型输出自适应确定误差阈值，利用滤波后的偏差和所述误差阈值对比以进行故障判别。