检测分析物中给定的核苷三磷酸分子的核碱基是否包括给定化学或结构修饰的方法，其特征在于以下步骤：(1)在聚合酶存在下，使所述分析物与包含以下组分的生物探针反应：(a)一对单链第一寡核苷酸，其各自包含核酸外切酶封闭位点；位于所述10封闭位点的3'侧的至少一个限制性核酸内切酶识别位点；位于所述识别位点内的单个核苷酸捕获位点以及分别位于所述识别位点3’侧的第一和第二荧光团，所述第一和第二荧光团被布置为基本上不可检测的，和(b)至少一个第二和任选地至少一个第三单链寡核苷酸，其各自与所述第一寡核苷酸分开并且能够与所述对中的一个、另一个或两个15第一寡核苷酸的捕获位点的3’和5’侧的互补侧翼区域杂交，以产生由(b1)和(b2)组成的使用的探针双链体，其中，(b1)是所述对中的一个或另一个第一寡核苷酸，(b2)是包含所述第二寡核苷酸、源自所述核苷三磷酸分子的一个或其他个修饰的或未修饰的核苷酸以及任选地所述第三寡核苷酸的组分，其中每个双链体包含四个可能的(b1)/(b2)双链体排列中的一个；(2)将20步骤(1)中产生的所述双链体与限制性核酸内切酶系统反应，所述限制性核酸内切酶系统包含至少一种适合于选择性地在所述识别位点切割所述(b1)链的限制性核酸内切酶，以根据原始的核苷三磷酸分子中是否存在所述修饰而产生(i)仅带有第一荧光团的可核酸外切消化的第一寡核苷酸元件或(ii)仅带有25第二荧光团的可核酸外切消化的第一寡核苷酸元件或(iii)分别带有第一和第二荧光团的可核酸外切消化的第一寡核苷酸元件的混合物；(3)从所述(b2)组分和所述对中的又一个第一寡核苷酸产生又一个使用的探针双链体，然后迭代步骤(2)和(3)；(4)在30步骤(2)和(3)中的任何一个或两个之后，用具有5’-3’核酸外切活性的酶消化所述第一寡核苷酸元件，以产生可检测状态的荧光团；以及(5)检测在步骤(4)中释放的所述荧光团，并从观察到的荧光信号的性质推断所述原始的单核苷三磷酸分子是否被修饰。