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    单核苷酸检测方法及相关探针
    2.
    发明公开
    单核苷酸检测方法及相关探针 审中-实审

    公开(公告)号：CN110621786A

    公开(公告)日：2019-12-27

    申请号：CN201880032020.3

    申请日：2018-05-15

    申请人： 贝斯4创新公司

    发明人： 巴纳比·巴姆福思 ,  卡梅伦·亚历山大·弗雷林 ,  马克·德特莱夫森

    IPC分类号： C12Q1/6869 ,  C12Q1/6823

    摘要： 对核酸进行测序的方法，其特征在于以下步骤：(1)通过核酸的渐进酶促消化产生单核苷三磷酸流；(2)通过在聚合酶存在下使至少一个单核苷三磷酸与相应的生物探针反应来产生至少一个寡核苷酸使用的探针，所述相应的生物探针包含(a)第一单链寡核苷酸，其包括核酸外切酶封闭位点，位于所述封闭位点5'侧并包括用于捕获该单核苷三磷酸的单核苷酸捕获位点的限制性核酸内切酶识别位点，和位于所述识别位点5'侧并被布置为使荧光团被猝灭的至少一个荧光团区域，和(b)第二和任选的第三单链寡核苷酸，它们分别与第一寡核苷酸分离，并能够与位于捕获位点3'和5'侧翼的第一寡核苷酸上的互补区域杂交；(3)用限制性核酸内切酶在识别位点切割所述经使用的探针的第一寡核苷酸链，以产生带有荧光团的第一寡核苷酸组分；(4)用具有3'-5'核酸外切活性的酶消化该第一寡核苷酸组分，以产生可检测状态的荧光团，以及(5)检测步骤(4)中释放的荧光团。还提供了与具有5'-3'核酸外切活性的酶一起使用的相应方法，以及新的生物探针和由其得到的试剂盒。

    甲基化检测方法
    3.
    发明授权
    甲基化检测方法 失效

    公开(公告)号：CN106133150B

    公开(公告)日：2019-11-26

    申请号：CN201580015644.0

    申请日：2015-02-13

    申请人： 贝斯4创新公司

    发明人： 巴纳比·巴姆福思 ,  安娜·路易莎·布拉斯·道斯·桑托斯·里贝 ,  罗·达·席尔瓦

    IPC分类号： C12Q1/6858

    摘要： 确定给定的单一核苷酸是被甲基化的还是未被甲基化的方法，其特征在于下述步骤：(a)使所述单一核苷酸与一种或多种杂交探针类型接触，每种所述杂交探针类型在其未使用形式包含：(1)连接一个或多个处于基本不可检测状态的第一可检测元件的第一寡核苷酸，并且所述第一寡核苷酸还包含：(i)双链和单链区，和(ii)连接在所述双链区邻近所述单链区的末端的耐受核酸外切降解的区域，和(2)连接一个或多个也处在基本不可检测状态的第二可检测元件的第二单链寡核苷酸，并且改变所述第二单链寡核苷酸为至少部分是所述第一寡核苷酸的单链区的核苷酸序列互补物；(b)对于引起(i)所述单一核苷酸与所述耐受核酸外切降解的区域和所述单链区结合，和(ii)所述第二寡核苷酸与所述单一核苷酸和所述单链核苷酸区结合，以产生基本上双链的使用的探针的相关的探针类型；(c1)将所述使用的探针用甲基化依赖性限制性内切核酸酶在如果所述单一核苷酸被甲基化，则所述使用的探针在邻近耐受核酸外切降解的区域处被切割成两个双链寡核苷酸产物的条件下处理，或者(c2)将所述使用的探针用甲基化敏感性限制性内切核酸酶在如果所述单一核苷酸未被甲基化，则所述使用的探针在邻近耐受核酸外切降解的区域处被切割成两个双链寡核苷酸产物的条件下处理；并且，然后(d1)将步骤(c1)的产物用外切核酸酶或展现出外切核酸酶活性的聚合酶处理，使得如果所述单一核苷酸被甲基化，则仅释放处于可检测状态的第一可检测元件或释放处于可检测状态的第一和第二可检测元件二者，或如果所述单一核苷酸未被甲基化，则仅释放第二可检测元件，或者，(d2)将步骤(c2)的产物用外切核酸酶或展现出外切核酸酶活性的聚合酶处理，使得如果所述单一核苷酸未被甲基化，则仅释放处于可检测状态的第一可检测元件或释放处于可检测状态的第一和第二可检测元件二者，或如果所述单一核苷酸被甲基化，则仅释放第二可检测元件。

    单核苷酸检测方法及相关探针
    4.
    发明公开
    单核苷酸检测方法及相关探针 审中-实审

    公开(公告)号：CN109790572A

    公开(公告)日：2019-05-21

    申请号：CN201780052454.5

    申请日：2017-09-04

    申请人： 贝斯4创新公司

    发明人： 巴纳比·巴姆福思 ,  卡梅伦·亚历山大·弗雷林

    IPC分类号： C12Q1/6869

    摘要： 提供测序核酸如DNA或RNA的方法。其特征在于以下步骤：(1)通过核酸的逐步酶促消化生成单核苷三磷酸的流；(2)通过在聚合酶和连接酶存在下使至少一个单核苷三磷酸与相应生物探针反应产生至少一个基本双链的寡核苷酸占用探针，所述生物探针含(a)第一单链寡核苷酸，其包括限制性核酸内切酶切口位点、用于捕获单核苷三磷酸的单核苷酸捕获位点和并置于切口位点任一侧的分别带有至少一个荧光团和至少一个猝灭剂以使荧光团猝灭的寡核苷酸区域，和(b)能够与捕获位点任一侧的第一寡核苷酸上的互补区杂交的第二和第三单链寡核苷酸；(3)用切口限制性核酸内切酶在切口位点切割占用探针的第一寡核苷酸链以产生分别带有荧光团和猝灭剂的分离的第一寡核苷酸组分；(4)将步骤(3)中生成的第一寡核苷酸组分与占用探针的互补链分离，和(5)检测带有荧光团的分离的寡核苷酸组分上的荧光团。该方法适于在微滴中进行。还描述了与该方法一起使用的新生物探针和探针系统。

    单核苷酸分析方法及相关探针
    6.
    发明公开
    单核苷酸分析方法及相关探针 审中-实审

    公开(公告)号：CN111263818A

    公开(公告)日：2020-06-09

    申请号：CN201880069247.5

    申请日：2018-10-23

    申请人： 贝斯4创新公司

    发明人： 巴纳比·巴姆福思 ,  卡梅伦·亚历山大·弗雷林

    IPC分类号： C12Q1/6823

    摘要： 检测分析物中给定的核苷三磷酸分子的核碱基是否包括给定化学或结构修饰的方法，其特征在于以下步骤：(1)在聚合酶存在下，使所述分析物与包含以下组分的生物探针反应：(a)一对单链第一寡核苷酸，其各自包含核酸外切酶封闭位点；位于所述10封闭位点的3'侧的至少一个限制性核酸内切酶识别位点；位于所述识别位点内的单个核苷酸捕获位点以及分别位于所述识别位点3’侧的第一和第二荧光团，所述第一和第二荧光团被布置为基本上不可检测的，和(b)至少一个第二和任选地至少一个第三单链寡核苷酸，其各自与所述第一寡核苷酸分开并且能够与所述对中的一个、另一个或两个15第一寡核苷酸的捕获位点的3’和5’侧的互补侧翼区域杂交，以产生由(b1)和(b2)组成的使用的探针双链体，其中，(b1)是所述对中的一个或另一个第一寡核苷酸，(b2)是包含所述第二寡核苷酸、源自所述核苷三磷酸分子的一个或其他个修饰的或未修饰的核苷酸以及任选地所述第三寡核苷酸的组分，其中每个双链体包含四个可能的(b1)/(b2)双链体排列中的一个；(2)将20步骤(1)中产生的所述双链体与限制性核酸内切酶系统反应，所述限制性核酸内切酶系统包含至少一种适合于选择性地在所述识别位点切割所述(b1)链的限制性核酸内切酶，以根据原始的核苷三磷酸分子中是否存在所述修饰而产生(i)仅带有第一荧光团的可核酸外切消化的第一寡核苷酸元件或(ii)仅带有25第二荧光团的可核酸外切消化的第一寡核苷酸元件或(iii)分别带有第一和第二荧光团的可核酸外切消化的第一寡核苷酸元件的混合物；(3)从所述(b2)组分和所述对中的又一个第一寡核苷酸产生又一个使用的探针双链体，然后迭代步骤(2)和(3)；(4)在30步骤(2)和(3)中的任何一个或两个之后，用具有5’-3’核酸外切活性的酶消化所述第一寡核苷酸元件，以产生可检测状态的荧光团；以及(5)检测在步骤(4)中释放的所述荧光团，并从观察到的荧光信号的性质推断所述原始的单核苷三磷酸分子是否被修饰。

    单核苷酸检测方法
    7.
    发明授权
    单核苷酸检测方法 有权

    公开(公告)号：CN106471133B

    公开(公告)日：2019-07-09

    申请号：CN201580034262.2

    申请日：2015-07-22

    申请人： 贝斯4创新公司

    发明人： 巴纳比·巴姆福思 ,  卡梅伦·亚历山大·弗雷林

    IPC分类号： C12Q1/68

    摘要： 单核苷酸检测方法，本发明提供一种对核酸(诸如DNA或RNA)测序的方法。其特征在于以下步骤：(1)通过核酸的逐步焦磷酸解产生单三磷酸核苷流；(2)通过在存在聚合酶和连接酶的条件下使至少一个所述单三磷酸核苷与相应的探针系统反应产生至少一种基本上双链的寡核苷酸使用的探针，所述相应的探针系统包含：(a)第一单链寡核苷酸，其用处于不可检测状态的特征性可检测元件标记，和(b)第二和第三单链寡核苷酸，其能够杂交于第一寡核苷酸上的互补区；(3)用具有双链核酸外切活性的酶消化所述使用的探针，产生处于可检测状态的可检测元件和单链的第四寡核苷酸，所述第四寡核苷酸至少部分是与第一寡核苷酸互补的序列；(4)使第四寡核苷酸与另一个第一寡核苷酸反应，以产生与所述使用的探针相对应的基本上双链的寡核苷酸产物；(5)循环重复步骤(3)和(4)，并且(6)检测在步骤(3)的每次重复中释放的特征性可检测元件。适当地，所述可检测元件是荧光团。本发明的方法由单三磷酸核苷产生比之前记载的更强的荧光信号。还公开了适当的探针系统。

    当地，所述可检测元件是荧光团。本发明的方法单核苷酸检测方法 由单三磷酸核苷产生比之前记载的更强的荧光
    9.
    发明公开
    当地，所述可检测元件是荧光团。本发明的方法单核苷酸检测方法 由单三磷酸核苷产生比之前记载的更强的荧光 有权

    公开(公告)号：CN106471133A

    公开(公告)日：2017-03-01

    申请号：CN201580034262.2

    申请日：2015-07-22

    申请人： 贝斯4创新公司

    发明人： 巴纳比·巴姆福思 ,  卡梅伦·亚历山大·弗雷林

    IPC分类号： C12Q1/68

    摘要： 信号。还公开了适当的探针系统。单核苷酸检测方法，本发明提供一种对核酸(诸如DNA或RNA)测序的方法。其特征在于以下步骤：(1)通过核酸的逐步焦磷酸解产生单三磷酸核苷流；(2)通过在存在聚合酶和连接酶的条件下使至少一个所述单三磷酸核苷与相应的探针系统反应产生至少一种基本上双链的寡核苷酸使用的探针，所述相应的探针系统包含：(a)第一单链寡核苷酸，其用处于不可检测状态的特征性可检测元件标记，和(b)第二和第三单链寡核苷酸，其能够杂交于第一寡核苷酸上的互补区；(3)用具有双链核酸外切活性的酶消化所述使用的探针，产生处于可检测状态的可检测元件和单链的第四寡核苷酸，所述第四寡核苷酸至少部分是与第一寡核苷酸互补的序列；(4)使第四寡核苷酸与另一个第一寡核苷酸反应，以产生与所述使用的探针相对应的基本上双链的寡核苷酸产物；(3)的每次重复中释放的特征性可检测元件。适(5)循环重复步骤(3)和(4)，并且(6)检测在步骤