本发明公开了一种基于本征电气相位差的配电网时钟同步校正方法。首先，通过对称分量法获取配网首末端稳态电压和电流、分布式测点稳态电流正序分量，及线路正序波阻抗和传播常数；其次，选取步长，以首端稳态电压、电流相位为参考，利用首末端正序电气量计算距首端不同距离稳态电流非同步相位差，求均值，使配网首末各端同步；再次，利用首/末端稳态电压和电流正序分量计算分布式测点稳态电压正序分量；最后，以末/首端稳态电压、电流相位为参考，利用末/首端和分布式测点正序电压、电流相量计算至分布式测点间不同距离稳态电流非同步相位差，求均值，重复步骤，使全网测点同步。本发明无需同步测量，具有较高的相位校正精度。