本发明公开了一种用于集装箱场站的自动存提箱方法及系统，以解决现有集装箱场站依靠人工交互完成存提箱作业所存在的人工作业量大、效率低等问题，具体包括：场站同步船公司数据库中与本场站相关的集装箱信息；接收拖车司机通过手持终端发送的提存箱业务请求；将拖车司机发送的信息与本场站同步船公司得到的集装箱信息进行比对；在比对无误后，发送集装箱的垛位至拖车司机，并将拖车信息发送至本场站的自动闸口；场站在接收到本场站的自动闸口在检测到拖车驶入闸口时生成的激活指令后，确定箱位并发送至拖车司机和本场站的场桥，并向场桥发送提箱指令或落箱指令，以使场桥在拖车行驶到所述箱位所在的场区后，对所述拖车执行装箱或卸箱作业。