本申请公开了一种高密度MEMS微纳线圈柔性异质集成方法，包括：准备刚性基底并清洗；在刚性基底上生长剥离层；在剥离层上沉积多层MEMS微纳线圈，相邻层的MEMS微纳线圈之间沉积薄膜隔离层，将多层MEMS微纳线圈互连，并在最顶层沉积薄膜绝缘层；在薄膜绝缘层上沉积薄膜种子层，再电镀金属应力层；调节金属应力层的厚度，将MEMS微纳线圈剥离；将MEMS微纳线圈与柔性基底进行集成；依次将金属应力层、薄膜种子层去除；在薄膜绝缘层上开孔；将多层MEMS微纳线圈进行互连并折叠。本申请通过可控剥离方法将刚性基底上多层互连的MEMS微纳线圈转移至柔性基底上，并通过柔性基底折叠形成多层堆叠结构，大幅提升线圈匝数，解决狭小空间下MEMS电磁能量采集器的低输出电压难题。