本发明提供一种无功功率补偿控制器的自动调校方法，通过在参考工作时段内逐渐增加或减小特定范围的目标功率因数值，同时计算出当前目标功率因数运行时对应的有功功率，统计出在此参考工作时段内每个目标功率因数值所对应的有功功率平均值，通过比较其大小，筛选出最小有功功率平均值及其所对应的目标功率因数值，将该目标功率因数确定为此参考工作时段的实际工况下对应的最佳功率因数，使得其对应的工作时段的有功功率量最小，在该工作时段内最省电；而后，其它计划工况相同的工作时段即可直接使用相应的最佳目标功率因数，不同工作时段对应运行各自对应的最佳目标功率因数值，从而实现用电场所的配电系统中目标功率因数的自动调校。