本发明公开了一种多燃料充量压缩燃烧发动机燃烧系统及控制方法，涉及内燃机技术领域，包括：燃烧室、传感系统、控制器、喷射系统，其特征在于，所述喷射系统被配置为能够向所述燃烧室喷射至少两种燃料以在所述燃烧室内形成混合气，所述控制器被配置为能够控制所述喷射系统对所述至少两种燃料的喷射，以使得所述燃烧室内的所述混合气形成浓度和活性分层，以在所述燃烧室内进行ICCI模式的燃烧。通过本发明的实施，可以灵活实现缸内混合气的浓度和活性分层，从而形成最佳的燃料活性梯度，确保发动机在各个工作状况下保持最佳的热效率和最低的排放，在机械工程领域，尤其在汽车发动机领域，具有非常突出的应用价值。