本发明公开了一种PCB单板程序自动烧写装置及其方法，烧写柜框架设置在流水线线体上，烧写柜框架内部位于流水线线体的上方设置有针床治具，针床治具下方的流水线线体上设置有用于举升托盘的举升定位机构，流水线线体上对应举升定位机构分别设置有接近开关和气动档停，托盘上设置待烧写的PCB单板，针床治具与烧写柜框架上设置的工控机连接，工控机用于控制针床治具对PCB单板进行烧写作业。本发明实现PCB单板来料的自动定位、夹紧，单板供电电源接插件的自动化接插、烧写器接插件的自动化接插，从而实现全自动化流水线上PCB单板程序的自动烧写。