发明公开了一种婴幼儿配方粉乳基料及其制备方法，属于乳品生产领域。本发明以脱脂乳为原料，热杀菌、陶瓷膜微滤分离、超滤提纯浓缩、喷雾干燥步骤分离制备乳清蛋白，κ‑酪蛋白和β‑酪蛋白。该方法制备的乳清粉蛋白质含量≥36％，其中αs‑酪蛋白含量≤1％，κ‑酪蛋白样品的蛋白质百分含量≥43％，其中αs‑酪蛋白含量≤12％。β‑酪蛋白样品的蛋白质百分含量≥75％，其中αs‑酪蛋白含量≤15％。本方法具有操作简单、添加物质少、可操作性强、生产流程少、副产物(αs‑酪蛋白)可复溶解等特点。该方法制备的三种乳基料具有保持乳蛋白原有的结构、蛋白不变性以及分离效率高等特点。