本发明涉及水稻育种及分子生物学技术领域，公开了调控稻米直链淀粉含量和胶稠度相关的多效QTL、分子标记及应用。其中多效QTL命名为qAC&GC-1，位于4号染色体DNA片段上，遗传距离为10.1cM-12.2cM，物理距离为4207206bp-4766887bp，直链淀粉含量和胶稠度的LOD值分别为6.03和5.48。分子标记分别命名为Indel Tal-1和Indel Tal-2。该多效QTL可有效增加稻米直链淀粉含量和胶稠度，在水稻分子辅助育种的过程中，可以加快培育出稻米直链淀粉含量适中和胶稠度较高的水稻，优化稻米品质。该方法简便易行，安全有效，有益于提升稻米品质，适于大规模推广应用。