本发明公开了一种高速公路隧道安全节能通风系统的控制方法，通风系统包括检测器群组、控制中心、风机以及储能装置。该控制方法包括步骤：1)控制中心获取各状态变量的值；2)控制中心通过判定各状态变量是否处于正常范围来控制风机工作在发电储能状态或电动状态；3)风机工作在电动状态时，控制中心判定风速是否处于正常范围，控制风机工作在正转通风状态或反转减风状态。本发明与现有隧道排风系统相比，一方面增加了风机的发电工作状态，当隧道不需要排风时利用隧道风能发电，将电能存储在储能装置中，实现了节能；另一方面增加了风机的电动反转状态，能够根据现场情况控制隧道风的风速和风向，达到精准排烟和降低有毒气体浓度、烟尘浓度的效果。