本发明公开了一种用于灭活水中微型生物的序批式处理系统及方法，包括模块化过滤装置，模块化过滤装置具有内源反洗功能，过滤装置反洗排水与灭活反应装置的进水口相连通；灭活反应装置的筒体顶部开设进水口和进药剂口，底部开设排水口；药剂投加装置的药剂储存筒和自动投药装置通过管道与灭活反应装置的进药剂口相连。本发明不在水生产系统投加药剂，而是对来水进行过滤，将水中微型生物过滤富集后反洗排出，再对反洗排水中的微型生物进行序批式灭活处理，解决了传统处理方式在水生产系统中投加药剂，导致药剂投加量大，可能对水系统主生产工艺造成影响，后续处理费用较高等问题。