一种多菌种协同发酵制备果醋的方法，其作法是：A、果酱的制备；B、将乳酸菌培养得到乳酸菌一级菌种；再接种到果酱中，得到乳酸菌二级菌种；C、将酿酒酵母菌粉接种到果酱中，并加入乳酸菌二级菌种，再培养得到果酒；D、将醋酸菌培养得到醋酸菌一级菌种；再接种到果酒中，培养得到醋酸菌二级菌种；E、将红曲菌培养得到红曲菌一级菌种；再接种到果酒中，得到红曲菌二级菌种；F、将醋酸菌二级菌种和红曲菌二级菌种，接种到果酒中；较高温发酵和较低温发酵交替进行，发酵2-5天，得到果醋发酵液；G、密封陈酿1个月以上，灌装即得。该方法制备的果醋颜色鲜亮，酸味柔和，水果风味足，水果的营养价值和保健功效能得到更有效利用。