本发明公开了一种电动拖拉机氢燃料电池和锂电池的供电控制系统及方法，包括电源装置、整车控制系统和电机控制系统，所述电源装置包括氢燃料电池供电系统，锂电池供电系统和电池管理模块，电池管理模块的控制输出端分别与氢燃料电池供电系统和锂电池供电系统的控制输入端连接，整车控制系统的控制输出端分别与电池管理模块和电机控制系统的控制输入端连接，本发明综合锂电池的剩余电量与外部需求功率的情况，从而分配氢燃料电池供电系统和锂电池供电系统的工作情况，同时随外部负载的变化使电源装置输出功率处于动态变化，提高电力的利用率,进而提高续航能力。