本发明提供一类冠心病核酸分子标志物及其引物和应用，所述标志物为FN1和PTEN，所述FN1和PTEN的5’UTR核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示，所述标志物来自外周血白细胞。本发明首次发现外周血白细胞中FN1和PTEN的5’UTR甲基化水平和基因表达水平均与冠心病相关联，利用所述标志物的引物检测FN1和PTEN的5’UTR甲基化水平和基因表达水平能够用于辅助诊断冠心病，使得冠心病的诊断更加方便易行，同时本发明提供的冠心病核酸分子标志物FN1和PTEN，为进一步研究冠心病提供了科研基础，具有重要科研意义。