本发明涉及功能薄膜技术领域，公开了一种医疗内窥镜透明防污薄膜及其制备方法，其中透明防污薄膜从基片向外依次包括氟化类金刚石膜、掺杂元素类金刚石膜和氟化类金刚石膜；透明防污薄膜的制备方法包括：清洗基片，在基片表面沉积氟化类金刚石膜；向氟化类金刚石膜上注入掺杂元素后再沉积氟化类金刚石膜；并最终进行表面化学改性，提高抗污长效性和广谱性。本发明的透明防污薄膜均匀、致密的，兼具有高透光、防污损与自润滑等性能，且制备方法简单，与基体结合良好，可应用于医用内窥镜镜头或外罩表面等需要耐血液/组织液污损、减少与组织间摩擦等场合，明显降低内窥镜维护周期。