本发明公开了一种具有反压结构的承台系统及其施工方法，涉及桥墩加固技术领域。该具有反压结构的承台系统包括桥墩、桩基、分配件、顶升件和反力件。桩基和桥墩均沿竖直方向延伸设置，分配件固定安装于桩基的顶部，反力件设置于分配件的上方，且固定安装于桥墩的侧面，反力件通过顶升件与分配件连接，顶升件能够通过反力件向上托起桥墩，以将桥墩的部分载荷通过分配件传递至桩基上。与现有技术相比，本发明提供的具有反压结构的承台系统由于采用了安装于桩基顶部的分配件以及通过反力件与桥墩连接的顶升件，所以能够在满足原有桥墩卸荷以及新增桩基反压的同时实现承台的一次性浇筑施工，施工效率高，施工工期短，工程造价低，应用广泛，安全性高。