本发明公开了一种汽车锂电池充电管理方法及系统，通过分别记录统计汽车的搁置时间、进入充电状态时的剩余电量、充电电压电流大小和充电时间，进而计算每次充电状态时的充电时间和总过充时间，根据对各参数预设的权重，综合计算出总电量估计系数，之后根据汽车锂电池的初始总电量和总电量估计系数，计算汽车锂电池的估计总电量，可以较为准确和全面地反映出根据锂电池的使用情况估计出的当前锂电池真实总电量，通过对该估计总电量进行设定百分比计算，将充电过程划分为全功率充电段和主动均衡充电段，可以在保证充电效率的情况下，减少对汽车锂电池因充电不均衡而造成的损害。