本发明涉及生物技术及生化检测技术领域，尤其涉及一种特异性结合卡拉胶的碳水化合物结合结构域及制备与应用。本发明制备了特异性结合卡拉胶的碳水化合物结合结构域，命名为CBP_Wa，其氨基酸序列为SEQ ID NO.1。CBP_Wa对卡拉胶具有特异性结合能力。该发明解决了当前缺乏特异性结合卡拉胶的CBM的问题。另外，本发明还提供了基于CBP_Wa在卡拉胶定性、半定量、可视化观察中的方法及应用实例，展现了CBP_Wa在卡拉胶研究中的良好应用潜力。本发明中的CBP_Wa是一种研究卡拉胶的新颖工具，具有实际意义。