本发明涉及一种炭基复合菌剂及其应用，所述炭基复合菌剂包括米曲霉固体发酵物、鲁氏接合酵母液体发酵物、贝莱斯芽孢杆菌液体发酵物和生物质炭。本发明所涉及的炭基复合菌剂创造性地将三种发酵产物与生物质炭进行复配，几种成分协同增效，将其用于土壤修复剂中，在无农药引入的情况下，可调整土壤pH值趋向中性，降低土壤盐含量，增加有机质含量，降低连作土壤青菜根肿病的发病率。使用本发明所涉及的土壤修复剂处理后的连作土壤中芸薹根肿菌的数量显著减少，收获期青菜根系中芸薹根肿菌的数量显著减少，土壤和植物根系中微生物群落物种多样性显著增加。