本发明公开了一种高精度时间测试方法、系统及存储介质，包括以下步骤：1)利用共模共视测量技术从卫星获取时间信息以及共视两端因空间传输引入的时间偏差值；2)根据步骤1)获得的时间信息及时间偏差值利用NCO频率合成技术恢复出高精度的时间信号及频率信号；3)获取被测设备的时频信号，再利用TDC鉴相技术，将被测设备的时频信号与步骤2)得到的时频信号比对得出相位偏差量，再用所述相位偏差量调整得到本地时频信号的分辨率，完成高精度时间测试，该方法、系统及存储介质能够有效的提高时间测量的分辨率及精度。