本发明公开了一种铁路隧道底鼓变形治理结构的施工方法，治理结构包括在边跨段设有的隧底重构衬砌，在隧底重构衬砌的下方设有置锚固桩，锚固桩伸入稳定岩层，在所有锚固桩的上方设有板梁，板梁覆盖跨中段和边跨段，锚固桩和板梁之间通过调整型支座进行连接，调整型支座的高度可调，且边跨段预留有检修通道，检修通道与调整型支座相连通；施工方法包括拆除隧底既有结构；重构仰拱二次衬砌，施工锚固桩，锚固桩伸入稳定岩层；施工盖梁，安装调整型支座；施工板梁，将板梁覆盖跨中段和边跨段；预留检修通道，检修通道与调整型支座相连通。本发明将隧道结构设置为灵活的可调结构，通过可调整量抵消隧底隆起变形量，延长隧道底鼓变形的治理周期。