本发明提供了一种苯选择性加氢反应系统及方法，包括依次连接的苯精制器、第一加氢反应器以及第二加氢反应器和分离器；其中，第一加氢反应器设置有第一进口，第一出口，第二加氢反应器设置有第二进口，第二出口；第一进口与苯精制器的出料口连接；第一出口与第二进口连接；第二出口与分离器连接；催化剂出口与第一加氢反应器连接以用于循环使用；第一加氢反应器与第二加氢反应器内部均设置有微界面机组，微界面机组用于分散破碎氢气成直径成微米级别的微气泡。本发明的苯选择性加氢反应系统，通过在反应器内部设置了微界面机组后，增大了氢气与液相物料之间的传质面积，降低了反应温度和压力，提高了环己烯的收率，增加了系统的安全性。