本发明涉及一种基于三维组学数据的西藏特色鱼类基因组组装方法，该方法将西藏特色鱼类待测样本的Hi‑C测序数据比对到该待测样本初步基因组contig序列中获得contig序列之间的位置关系，然后填补contig序列之间的空缺获得高质量的西藏特色鱼类基因组编码信息。因此，本发明的方法显著提高了组装结果中contig水平的连续性，从而提升特色西藏鱼类复杂基因组组装的质量。同时，本发明的组装方法获得连续性更好的参考基因组，为后续进行大规模基因组上的基因进化和功能研究提供保障，也更有利于西藏和其他地区鱼类的相关功能基因的QTL定位和GWAS研究，以及相关的群体遗传多样性和群体结构研究。