本发明提供一种车用混合蓄电池系统及控制方法，包括：电池管理组件、整车负载、整车常电负载、整车电路手拨开关、励磁发电机、起动机、发动机ECU以及起动接触器；电池管理组件包括：储能模组、起动模组、DC/DC补电稳压模块、主控制板、救援电路、锂电池保护接触器、加热继电器、锂电池模组加热膜、储能模组从控制板、起动模组从控制板、救援开关、储能模组分流器以及起动模组分流器；利用储能模组和起动模组分别对整车电路和起动电路供电，实现整车电路和起动电路分离，解决了整车起动瞬间对整车电路电压的影响。利用混合蓄电池系统替代传统铅蓄电池，混合蓄电池系统比铅蓄电池体积小、重量轻，有利实现整车布置、轻量化设计。