本发明公开了一种应用于电力电子变压器的PWM载波同步方法，属于电力电子变压器控制领域。该方法包括，控制单元FPGA以自身时基作为输入级子模块和隔离级DC-DC模块PWM周期计数器时基，分别在PWM周期计数特定时刻生成所需同步脉冲信号，并编码为同步K码字节发送至相应模块；输入级子模块接收到同步K码字节后解码为同步脉冲信号，进行载波计数寄存器更新，实现输入级子模块载波同步。隔离级DC-DC模块接收到同步K码字节后转换为相应的同步脉冲信号，并对载波计数寄存器进行更新，完成隔离级DC-DC模块载波同步。该方法实现了控制单元FPGA、输入级子模块和隔离级DC-DC模块的载波全同步功能，降低了系统硬件复杂度及成本，保证了系统稳定运行。