一种双室微生物燃料电池处理页岩气开发产生的油基泥浆中有机物的方法，属于有机废水处理技术领域。本发明先构建了双室微生物燃料电池(MFC)，利用污水处理厂好氧活性污泥培养得到的厌氧活性污泥作为阳极液，新鲜的好氧污泥作为阴极液，阳极液、阴极液中添加营养液后，在MFC的阳极区附加转速为0-200r/min下启动MFC，稳定三个周期后，向阴极室投加一定的营养物质维持微生物的生长，将阳极室厌氧污泥基质更换为油基泥浆，在室温和恒压下运行MFC，MFC的阳极区附加转速为0-200r/min，可将油基泥浆中的有机污染物有效去除，同时还可回收电能。本发明方法设备简单、操作方便、节能、无二次污染。阳极区搅拌速度为100r/min时，MFC体系的最大功率密度达10.08W/m2，且内阻最小，欧姆极化损失最低，COD去除率可达50.4±0.3％。