本发明涉及基于茶树逆转录转座子序列开发的IRAP分子标记及其应用，属于生物技术领域，本发明基于Ty3-gypsy逆转录转座子转录酶序列成功开发了IRAP分子标记，该IRAP分子标记即引物F1R2、F4R1或F6R1可对不同茶树进行种质区分，结果稳定、效率高、不易收环境影响，可以有效的运用于各地区茶树种质资源的物种分析以及物种亲缘关系分析方面的研究，为茶树的种质鉴定、亲缘关系分析以及遗传多样性分析等研究领域提供新的途径。对茶树的种质资源上的优种改良、培育、鉴别茶树培养的变异方法等方面有很大的意义。