本发明公开了一种矩阵变换器的虚拟同步发电机控制方法及系统，具体属于矩阵变换器的控制领域。本发明包括交流源型电源、输入滤波器、矩阵变换器、输出滤波器、交流母线、虚拟同步发电机控制器、期望输出电流生成器、矩阵变换器控制器。本发明的控制方法适用于采用矩阵变换器进行并网的交流源型微源和储能系统，本发明方法利用矩阵变换器连接交流源型电源与电网，并利用交流源型电源提供的能量实施矩阵变换器的虚拟同步发电机控制策略。本发明方法利用同步发电机的模型建立虚拟同步发电机控制策略，并利用滞环控制器控制矩阵变换器，使并网矩阵变换器能够模拟同步发电机的有功-频率和无功-电压的下垂特性，使并网矩阵变换器具有一定的惯性和阻尼，有利于增加系统的稳定性。